Assassin’s Creed perustuu suosittuun toimintapeliin, joka on saanut vahvasti vaikutteita oikeista historian tapahtumista, henkilöistä ja sijainneista. Mullistavan teknologia avulla Callum Lynchin (Michael Fassbender) muistiin on tallentunut hänen esi-isänsä, Aguilarin (Michael Fassbander) tapahtumat 1400-luvun Espanjassa. Callum elää kahdessa eri aikakaudessa ja hänelle paljastuu hänen kuuluvansa mystiseen salaseuraan, assassiineihin eli salamurhaajiin. Keräämiensä uskomattomien tietojensa ja taitojensa avulla hän ottaa vastuulleen nykyhetkessä mahtavan Temppeli-organisaation.