Maailman nopein sininen siili Sonic palaa valkokankaille tähänastisista seikkailuistaan jännittävimmässä. Sonic, Knuckles ja Tails kohtaavat uuden vastustajan, salaperäisen mustanpunaisen siilin Shadow’n. Team Sonicin kyvyistä ei ole vastusta Shadow’n ylivertaisille voimille ja niinpä heidän on muodostettava odottamaton liitto, jonka avulla he toivovat pysäyttävänsä Shadow’n ja suojelevansa planeettaa.